ค่าธรรมเนียมแพทย์ เป็นอีกหมวดหนึ่งซึ่งจำเป็นที่ต้องประกาศให้ประชาชนผู้มารับการรักษาพยาบาลได้ทราบ คณะกรรมการแพทยสภาจึงมอบหมายให้คณะอนุกรรมการพัฒนาคู่มือค่าธรรมเนียมแพทย์ จัดทำคู่มือแนวทางการกำหนดค่าธรรมเนียมแพทย์ มีการจัดทำมาแล้ว คือฉบับที่ 1 พ.ศ. 2544 ฉบับที่ 2 พ.ศ. 2549 และฉบับที่ 3 พ.ศ. 2563 คณะอนุกรรมการฯ ซึ่งประกอบด้วยกรรมการแพทยสภา, ผู้แทนจากสมาคมโรงพยาบาลเอกชน, สำนักงานประกันสังคม, สมาคมประกันชีวิตไทย, กระทรวงสาธารณสุข,กรมบัญชีกลางและกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย, ราชวิทยาลัยวิทยาลัย สาขาต่าง ๆ ทั้ง 15 แห่ง โดยราชวิทยาลัยวิทยาลัย ได้ร่วมกันสำรวจอัตราค่าธรรมเนียมแพทย์ของแพทย์ในสาขาต่าง ๆ และนำมากำหนดราคาตามหัตถการฉบับประเทศไทย (ICD -10- TM) และเมื่อสำรวจได้ทั้งหมดแล้ว จึงได้
กำหนดเป็น 2 ราคา ในแต่ละหัตถการ คือ ราคา Mean และราคาที่สูงกว่า คือ ราคา 90 Percentile
ราคาทั้ง 2 กลุ่มนั้น ไม่ได้เป็นการบังคับให้แพทย์แต่ละคนต้องกำหนดค่าธรรมเนียมแพทย์ตามราคาทั้ง 2 กลุ่ม แต่เป็นแนวทางให้แพทย์สามารถกำหนดค่าธรรมเนียมแพทย์ ซึ่งสถานพยาบาลแต่ละแห่งต้องประกาศตามข้อบังคับของสถานพยาบาล ค่าธรรมเนียมแพทย์ ที่แพทย์แต่ละคนประกาศนั้นจะสูงหรือต่ำกว่าก็ได้ ขึ้นอยู่กับสภาพการณ์และดุลยพินิจของแพทย์แต่ละคน ทั้งนี้อาจคำนึงถึงปัจจัยในเรื่องเวลาและสถานที่ เช่น เวลาปกติหรือเวลาเร่งด่วนฉุกเฉิน, เวลาที่จะต้องใช้ในการอธิบายให้ผู้รับการรักษาเกิดความเข้าใจ, โรงพยาบาลขนาดใหญ่หรือโรงพยาบาลขนาดเล็ก, ปัจจัยในเรื่องความสามารถจากประสบการณ์ที่แตกต่างกัน และปัจจัยความสามารถในการใช้เครื่องมือพิเศษ ซึ่งแต่ละคนมีไม่เท่ากัน มาใช้ในการพิจารณาร่วมด้วย
